Не нарвется. Префиксы несущественны.

Но чисто в теории можно представить себе ситуацию, когда два ВУЗа могут иметь одинаковый корень, но разные префиксы, типа НОУ и ГОУ.
Это все идет от российской лени, если у ВУЗа есть официальное наименование, утвержденное уставом, который к тому же регистрируется в Минюсте, то во всех документах должно употребляться именно оно. А то, что МОН РФ, как раньше Рособрнадзор, при выписке дипломов использует кастрированное название организации, является неправильным с юридической точки зрения. Когда дипломы выписывались от руки, на это можно было закрыть глаза во благо ускорения процесса, но в век компьютерных технологий - извините.
Может быть и Елена Константиновна обратит внимание на этот пост.

Вообще-то их два. Полное и сокращенное. И оба - официально-равноправные.
Например, полное
и сокращенное

Далеко не всегда сокращенное выглядит так как у Вас:
Примеры выдержек из уставов:
№1
1.4. Полное наименование Университета на русском языке:
Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный университет путей сообщения».
Сокращенное наименование Университета на русском языке: МИИТ.
№2
1.3. Полное наименование Университета на русском языке – федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Белгородский государственный национальный исследовательский университет».
Сокращенные наименования Университета на русском языке – ФГАОУ ВПО «Белгородский государственный национальный исследовательский университет», НИУ «БелГУ».

иииии....?

-DOCTOR-, внести исправление в электронную версию диссертации - не проблема. Не проблема даже, что экземпляры диссертации ушли в библиотеку вуза, оппонентам и ведущей организации. А вот то, что в разосланном/ вывешенном на сайт ВАК автореферате будет расхождение с тем, что получится в результате перепечатки обложки - криминалом не будет? Или это как раз подойдет в категорию "исправление опечатки, не влияющей на смысл текста"?
Опять-таки - переделать обложки всех неразосланных авторефератов или только тех, которые в ВАК пойдут?

Ничего переделывать не надо

Только у 4 экземпляров, которые идут в МОН РФ и все.

Это ж кому делать то нечего, что он будет дословно сравнивать автореферат на ВАКовском или ВУЗовском сайте с печатным оригиналом и искать опечатки не влияющие на смысл работы.

Добавлено через 1 минуту
Если у человека на душе томно, пусть переделает 4 обложки и спит спокойно.;)

Добавлено через 54 секунды
Кстати в уставе Вашего ВУЗа такая же петрушка:
1.3. Полное наименование Университета на русском языке: федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Дальневосточный федеральный университет».
Сокращенное наименование Университета на русском языке – ДВФУ.

1) это старая версия от 2010 (если брали с сайта), там уже кучу изменений внесли
2) ну так я и не понял, к чему все это? Т.е. вы против того, чтобы писали сокращенное наименование а хотите полное, или что?

Версия устава от 12.05.2011 г.

Я за то, что бы в дипломах доктора и кандидата наук писали правильное официальное наименование ВУЗа или НИИ или т.п. (полное или краткое), а не кастрированное исполнителем государственной функции по его разумению.