Я обучаюсь по договору с вузом на коммерческой основе, то есть вуз оплачивает мое обучение, если я отчислюсь, должна буду выплатить деньги (а так обидно выплачивать, если я хочу выучиться и защититься, если у меня есть мозги)!..

А ваш вуз в курсе ситуации с вашим НР? Если да то попросите руководство написать письмо-ходатайство с просьбой смены руководителя и все таки попробовать полюбовно разобраться самим.

Добавлено через 1 минуту 12 секунд
Попробуйте поговорить с прошлым НР о назначении вам и его и другого, это по положению возможно. И в случае вашей защиты галочки по защищенным поставят оба - вроде никого не обидете.