Я отмечаю явку на практики/лабораторные. Посещение лекций стараюсь не отмечать. Если группа сильно наглеет -- тогда, эту группу отмечаю.
Стараюсь поменьше формализма, не стучать на студентов в деканат. На том месте, где я работал старый зав очень рекомендовал писать на студентов кляузы в деканат, предложения разобраться, наказать и т.д. Исхожу из того, что мы не должны воспитывать школярство в студентах.
Да, я подставлялся и подставляюсь, но в той истории, что со мной произошла (может дойдут руки описать её), именно студенты проявили себя как порядочные люди. Предлагали даже выйти на улицу и протестовать, но я это не одобрил. Студенты могли бы и огрести, даже в стиле спецслужб (типа стравливания их между собой), хотя деканат "моих" очень неплохой, у меня были с деканатом нормальные отношения и никаких пакостей от деканата не было. Но, на всякий случай, не одобрил. Т.е., хтя я был уязвим, подставлялся, и двойки ставил и много, студенты пакости мне не сделали. Я им -- тоже.

Добавлено через 6 минут 20 секунд
Отдельно провожу прием заданий. Ранее расчётно-проектировочные работы (сопромат), сейчас типовые расчёты по "Высшей математике". Без защиты толку не будет, обязательно провожу защиты, иначе слишком многие будут покупать. Причем, предупреждаю на первой лекции, что надо сдать, и сколько.
К сожалению, это практически не оплачивается (я о защитах), но без этого, увы, будет намного хуже.
Итого, ставлю в журнал оценки за защиты, оценки за контрольные, отметки за активность на практике, всё гласно и открыто.

На видео :D
Но вообще: явку отмечаю на практике, остальное - на моё усмотрение.