В диссере все алгоритмы, классы и сущности у меня были в виде UML-диаграмм. Листинги кода не прикладывал.

Обычно включают ключевые фрагменты разработанного алгоритма (часто в виде псевдокода) и описание программы (диаграммы классов и т.п.), примеры выходных данных (для визуализации и подтверждения каких-то результатов исследования). В целом загромождать работу кодом не рекомендуется. Часто разработчики программ имеют свидетельства о гос. регистрации или даже патент (для получения которых приводится описание программы), а в диссере приводиться код не стоит. Да и, как писали выше, сам код, реализованный на конкретном языке программирования новизной не является, это скорее практическая реализация.

Куски кода в тексте, как уже говорилось, вызывают мысли "Негодяй-аспирант, хочет объем диссертации раздуть!" Кроме того, даже профессионалу кусок чужого кода (даже с комментариями) так сразу скажет немного. А людям, которые не профи (или, допустим, данный язык программирования не знают), код тем более ничего не пояснит. Лучше всего - схемы основных алгоритмов и более-менее подробное описание работы программы "простым языком".
P.S. Помимо всего прочего, встает вопрос - сколько у вас кода? Специально попробовал вставить в MS Word весь текст своей программы. Дописана она примерно до половины, и уже 163 страницы (правда, писалось на Delphi, там даже простые куски могут быть объемными ))).

Я в тексте приводила алгоритм с кратким объяснением и в приложении небольшой фрагмент на 5 стр. 12 кеглем через 1 интервал, весь код страниц 150 по минимуму бы занял....