Я думаю нет. Приложите к документам в ВАК копию (или оригинал) приказа ректора о смене УС на время вашей защиты. Наоборот, думаю, только плюс от того, что ваш НР одновременно не является УС на защите. Этот ход ректора повышает объективность самой защиты. Все верно. Тем более в автореферате не красиво с научной точки зрения, когда УС, который одновременно и НР, подписывает работу своему аспиранту.
Не волнуйтесь! Ректор все правильно делает в вашем случае! :)

Ну это мы с Вами так рассуждаем). А ВАК ведь руководствуется положением, в котором не запрещено подписывать 2 раза секретарем автореферат.

В любом случае УС подписывает автореферат только 1 раз, а Нр его вообще не подписывает. Кроме того, существует внегласный кодекс чести, который подразумевает, что на время защиты председатель совета и ученый секретарь не могут одновременно являться НР диссертанта. Это не прописано в положениях ВАК, но внегласно принимается на веру.
Поэтому не волнуйтесь, все правильно у вас в вузе делает и ректор, и УС-НР

А голосовать в этом случае научный руководитель имеет право?

Теоретически да, раз он член дис.совета. В нашем совете заведено, что когда член совета является НР, то он голосует. С другой стороны, у нас не принято, чтобы НР был ученый секретарь или председатель совета.

В некоторых советах традиционно НР не голосует и даже не рассписывается в явочном листе, а только выступает, когда это положено по регламенту защиты.
Все на усмотрение председателя совета и традиций...

У нас научный руководитель голосует, и вообще большинство наших аспирантов имеют научника из состава совета, считаю это нормальной практикой - помогает при решении организационных моментов.

Мой НР тоже из совета, это нормально. Тоже голосовал. Вот только не принято у нас, когда ученый секретарь или председатель являются НР.

Необходимо подвести итог: учёный секретарь не может одновременно являться научным руководителем во время защиты своего аспиранта. Поэтому, целесообразно по приказу ректора назначить учёным секретарём, на время защиты его диссертанта, другого учёного секретаря из состава членов совета. В этом случае научный руководитель имеет право голоса. Все необходимые документы подписывает УС, назначенный приказом ректора. При отправке документов в ВАК прикладывается копия приказа ректора.
ТАК????????????????????????????????????

БИНГО!
Удачи, deniver, на защите! Все должно пройти отлично!