Если вы будете защищаться по медицинским наукам, то нужно в удостоверении обязательно указать "03.03.01 - физиология (медицинские науки)", чтобы и шифр специальности присутствовал, и отрасль науки. Особенно это важно для экзамена по истории и философии науки: здесь критична отрасль науки (биологические или медицинские).

В этом варианте нет. Одинаковыми будут, когда специальность по 03. будет относится к медицинским наукам, а отношение специальности к конкретной отрасли при нескольких возможных вариантах зависит от Вашего высшего образования и содержания диссертации. Если у Вас диплом врача, зачем Вам биологические науки?