Вообще-то формальные признаки соблюдены. Есть номер. Что с того, что редакция решила его сделать тематическим. Я не раз встречал, когда журнал, выпускаемый каким нибудь вузом или ассоциацией, редакция посвящает какой-либо из номеров какому-то событию - конференции, съезду и пр. Это политика редакции и это никак не запрещено
Все бы прошло, но для чего надо было обращать внимание на это секретеря диссовета?

В подобных случаях с публикациями, однозначно не определяемых нормативными документами (если диссертация успешно защищалась в совете и аттестационное дело попадало на экспертизу) экспертные советы запрашивали текст диссертации, копии публикаций, и производили анализ как их формы, так и содержания последних. Результаты были, естественно, всякие...

почему? некоторые журналы все выпуски делают тематическими (например, на половину объема). Можно ведь и не указывать "тематический", а сделать такой по факту. В узкопрофильных журналах читатель и не заметит :)
тогда это не спецвыпуск, а тематический номер

Выше обсуждается целый номер, а не его часть.

Кроме того, у редакции, как правило, есть свои обязательства. Иногда их невозможно отодвинуть на один выпуск.

Вот и я о том же. Почему нет? В тематический номер не обязательно помещаются все подряд материалы конференции - обычно отбирается редколлегией наиболее важное и интересное. И обычно оно дорабатывается после замечаний до нужного уровня и формы
Да уж. "Предсказуемость" экспертных советов хорошо известна участникам форума.
Тем не менее, в данном случае не вижу нарушений с формальной стороны (не анализируя, конечно, содержательных аспектов)

Ага, сам прочитал, самому смешно стало. Вот такая опечатка получилась.