А у меня в кандидатской были разделы 3.1.1.1 и т.п. :p

Дробление более чем два разряда не очень удобно. Средний размер главы 40-50 страниц, три параграфа - по 15-17 страниц. Делить еще более мелко, хотя бы на три раздела (по 5 страниц) слишком мало. И самое неудачное здесь - ведь не ограничишься делением только одного параграфа, надо тогда все параграфы дробить, а материал, зачастую, так делать не дает. Поэтому я для себя, когда хочу внутри параграфа что-то выделить, делаю отдельные подзаголовки и выделяю их по тексту полужирным шрифтом. Это избавляет от необходимости выделения подразделов по каждому параграфу

А мой НР мне за это по рукам даёт...
Три главы, в каждой главе 3-4 раздела по 15-20 стр...И никаких тебе делений.

И правильно делает

на самом деле, чем более логически структурирована исследовательская работа - тем лучше. Не обязательно это выносить в оглавление и давать нумерацию. Как и делает ув. fazotron. А вот если хочется запутать читателя (и оппонента :)) и отбить у него охоту читать - самое то дать непрерывный текст. Еще и без абзацев :) Кстати, минимальная структурно-логическая единица текста - абзац. От нее же никто не избавляется.
вовсе не обязательно. У меня только одна глава из 4-х была сильно дробленной. Но иначе и нельзя было - получилось бы смешение разнородных объектов под одной главой.

Что же это за глава на 80 страниц, а диссертация тогда за 260 получается? (с учетом введения и заключения)
Это дело вкуса и традиций ДС.
Именно так. Очень подробное ветвление не очень хорошо для восприятия. И здесь важно, конечно, содержание работы. Вы прикиньте, что каждый раздел, по идее - это отдельный результат и, соответственно, пункт новизны. Вы этот результат разветвляете. Хотя, еще раз повторяю, главное для структуры - логика работы. Если у вас получается столько подразделов - нет вопросов