Этому есть какое-то нормативное обоснование или это обычай такой?

Homo novus, нормативного обоснования нет, есть разъяснение обратной ситуации (здесь, вопрос №10). Если журнал был в списке ВАК, но потом оттуда вылетел, то публикация в тот период, когда он там был, принимается при защите диссертации как ваковская.

На этой основе выводится и обратный случай. По сути обычай, да. Есть и несогласные, но это их собственный страх и риск.

есть разъяснение ВАКа на их сайте

milemlab, ссылку на разъяснение можно? Я не помню такого.

это было на олдсайте ВАКа в 2008-2009 гг. сейчас естественно этого нет.

milemlab, ну вот мы и обсуждаем, потому что разъяснения однозначного именно по этому вопросу нет. Хотя опять же, честно говоря, и на старом сайте тоже не помню, чтобы было.
Вот по поводу обратной ситуации разъяснение есть, их даже было два, ссылки даны в этой теме в FAQ (третий сверху вопрос-ответ).

нам в универ присылали письмо из ВАКа что есть ВАКжурнал и т.п., потом оно же появилось на сайте и когда опубликоваали критерии включения, эту инфу убрали

milemlab, значит я пропустил. Если найдете это письмо, процитируйте, пожалуйста, в той части, которая относится к обсуждаемому вопросу (зачет статьи в качестве "ваковской" при публикации до вхождения журнала в список).

Современная экономика: проблемы и решения
 

Долго я думал над этой темой. И всё тут не так-то просто, как кажется на первый взгляд. В том числе случай Толича, когда статья была подана в августе (когда журнал вошёл в Перечень), а журнал "схитрил" поставив её в более ранний (неВАКовский) номер - еще более сложный. Тут надо хорошо подумать. Однако, уже сейчас могу сделать частный вывод: вот такую статью можно писать в автореферате как ВАКовскую (даже при том, что она ВАКовской может и не являться).
Смотрите внимательно. Делаем так
----------------------------------------

Статьи в периодических научных изданиях, рекомендованных ВАК

1. Пошла статья
----------------------------------------
Теперь смотрите по датам. Предположим (на примере Толича), что статья была подана 1.08, по данным журнала (выходные данные) опубликована 1.04, в Перечень журнал вошёл 1.06, а а/р был разослан 1.09. Теперь, внимание: на момент составления а/р, его рассылки, журнал входит в Перечень ВАК и автор имеет право включить в раздел свою статью в этом журнале (даже, если исходить из того, что она неВАКовская). Это формально-юридический критерий. И, в случае проблем, автор может очень тонко выйти из ситуации (дарю совет бесплатно): заявление в суд об установлении юридического факта. 1) Факт нахождения журнала в Перечне на момент публикации (рассылки) а/р и 2) факт нахождения статьи в журнале. Еще раз обращаю внимание: это не обоснование того, что статья ВАКовская, но это обоснование того, что эту статью можно включить в соответствующий раздел.

Добавлено через 3 минуты
З.ы. и еще один момент применительно к ситуации Толича: у меня есть мнение, что за такие выкрутасы данное СМИ может быть привлечено к ответственности. Равно как и отдельные члены редакции. Поэтому на месте редакции, я бы двумя руками подтверждал, для всех тех, кто попал в переходный период, что статьи у них ВАКовские.

Добавлено через 10 минут

Солидарен, статья направлена в журнал, когда он уже вошел в список и рассматривалась она уже по новым правилам, а под каким номером она вышла уже не принципиально или же тираж подписан в печать тоже задним числом?