А у нас один книгомир, и научной литературы там совсем нет, и вообще путней литературы нет, а та бурда, что продаётся, имеет аховскую цену :(

Мантра: alib.ru (лучше заказывать у одного продавца несколько книжек, в пересчете на доставку дешевле получается).

Ну, я не претендую на объективность и всеохватность ;) Привела свой личный топ-лист.
Московский Дом Книги на Арбате - широкий ассортимент и умеренные цены, но специальную литературу предпочитаю покупать в других местах. В МДК очень хороший детский отдел и большой выбор художественной литературы.
Библио-Глобус слишком завышает цены, на мой взгляд.

Для старой книги - да. А вот для новых изданий нужны книжные магазины

Когда к нам в гости на кафедру приезжает знакомый доцент из МГУ, то обратно с собой увозит десяток книг из "старой книги" на Ваське :)

Наверное вот этот: Университетский книжный магазин БукВышка при Высшей школе экономики http://bookshop.hse.ru/, ул. Мясницкая, 20
Литература по экономике и соц. наукам в основном.

Нет, к ВШЭ этот магазин не имеет никакого отношения:) Или по крайней мере четыре года назад не имел:) Но ВШЭ растет и развивается:)

Если меня не перемкнуло с картой Москвы - то это магазин в Кривоколенном или Архангельском переулке...Если идти от Чистых Прудов - то он по левой стороне. И вроде он точно при какой-то библиотеке...

IvanSpbRu, не могу сообразить, что это за магазин.
Рядом м. Китай-город есть магазин при Исторической библиотеке http://www.shpl.ru/ Старосадский пер., 9.

Точно, он! Шли мы к нему от Чистых прудов, а вот потом к метро я шел к Китай-городу...Давно было, запутался...

Что то последнее время много книжных сетей закрывается. Кризис у них какой то. В сентябре на Невском в двух сетях 50% было. Потом один магазин закрылся.