Сначала программно отрубать в винде, а затем аппаратно.

Так ведь вариантов, вроде, не особо много. Выключателя на корпусе там нет? Значит сетевую вилку вставить в розетку. Потом подсоединить usb кабель к компьютеру.
Если диск отключается от работающего компьютера, сначала выполнить процедуру отключения устройства usb (обычно зеленая стрелка в трее), отключить usb кабель, вытащить вилку из розетки.

ясна, а я наоборот делала - сначала все вырубается (включая бук) затем вилку из сети... О включении: т.е. обязательно сначала в сеть, потом в юсб? а если от исб не отключать, а только из сети - принципиально?
И еще: вариант такой (включение): сначала включить бук (винт в исб, но не в сети), после загрузки бука включить в сеть винт - сие губительно для винта или нет?

Мне нравится.

что нравится - вариант?:)

По-моему, лучше всего делать так (расположено в порядке приоритета)
Включать:
1. Сначала питание в HDD, затем подключение его к ноутбуку, затем включение ноутбука.
2. Сначала включить ноутбук, потом питание к HDD, потом подключение HDD.
Не рекомендую:
3. Сначала включить ноутбук, потом подключение HDD, потом питание HDD.
Выключать:
1. Сначала ноутбук (корректное завершение работы), потом питание HDD, HDD от ноутбука не отключать.
2. Сначала ноутбук (корректное завершение работы), потом питание HDD, HDD от ноутбука отсоединить.
3. Программное отключение устройства usb, выключение питания HDD, HDD от ноутбука отсоединить.
Не рекомендую:
4. Отключение питания HDD или отсоединение его от ноутбука во время работающего ноутбука без программного отключения устройства usb.

В данном случае согласен с gav'ом по всем пунктам. :)

Добавлено через 5 минут 57 секунд
Да, вполне можно так, не принципиально. У меня в одном случае примерно так и сделано, даже еще проще по отключениям-подключениям. Терабайтный внешний диск western digital подключен по usb к док-станции ноутбука, а из сети не отключаю его вообще (он просто засыпает сам). Когда ноутбук вставляется в док и включается, диск просыпается самостоятельно и всё готово к работе. :)

вот мой тоже вроде засыпает, однако начал хырчать при просыпании...

:( Мои проблемы с дисками этой фирмы начались как раз после такого же шума при выходе из режима гибернации

Ink, спасибо, добрый человек, успокоил и порадовал...:(