Еще делают так: статьи ВАК размещают вначале списка и выделяют жирным шрифтом

Добавлено через 47 секунд
Посмотрите, как принято в нужном Совете - в авторефератах, например.

Как я понимаю, это список трудов на звание, а не в автореферат. Поэтому:
В форме 16 ВАКовский статус не указывается и никакими подзаголовками не выделяется. Правила оформления указаны в Регламенте (он размещен на сайте ВАК; смотрите приложения к нему).
В справке делаете так, как скажет Ваш ученый секретарь (обычно в скобках указывается номер журнала по Перечню). Только ученый секретарь. Если он не знает, то звонит в ВАК и выясняет.

В этом и проблема что не знает :( Типа говорит, что после статьи надо скобках указать конкретный перечень, старый или новый, но она не знает как это сделать

Секретарь, скорее всего, ошибается. Но это несущественно. Если секретарь настаивает, то и сделайте так, как он хочет.

Я так и хочу, но не знаю вот как в скобках обозначить старый и новый перечни :)

Может написать перечень введённый приказом или как фиг знает :(

sashapont, так может так и написать: входил в Перечень, действующих до 1 декабря 2015 г. или входит в ныне действующий Перечень

sashapont, так пусть позвонит в ВАК, его там не укусят. Если уж ему(ей) совсем не охота звонить, то в справке в скобках после каждой ВАК статьи укажите (Перечень-2015 или Перечень-(год уже не помню:))

Добавлено через 1 минуту
докторенок, справка ограничена объемом 3 страницы, а такие фразы места занимают уйму (надо к каждой из 3 ВАКовских статей это приписывать)

Наверное и в самом деле лучше позвонить, а то и в самом деле все правильные и грамотные формулировки много места съедят.

Перечень-2010

А номер какой-то есть у них, просто на сайте в шапке вообще ничего не написано