Я закачки книг сразу по папкам сортирую. Например, определенная область знаний, а внутри - по персоналиям. Скоро, правда, потребуется еще и промежуточное деление по школам.

Я тоже сортирую и раскладываю по папкам и темам.
Но возникают две проблемы:
1. Неизбежность и сложность составления каталога. Пробовал в ворде, но при наличии папок, вложенных в папки получается нечто громоздкое.
2. Часть книг попадает под несколько тем. А ставить ярлыки в другие папки вручную муторно.

Аналогично. И не только книг.
Музыку сортирую по жанрам.
Фильмы - по десятилетиям выхода.

Наряду с программами-каталогизаторами (MyHomeLib и др) для поиска по названиям можно использовать поисковик Everything - маленький и очень быстрый. Часто выручает.

В современных операционных системах вполне достаточно просто изменить название файла на информативное, например фамилия автора и название произведения на русском, и не будет нужды заморачиваться всякими каталогизаторами ;).

Если вы имеете в виду поиск в Виндоус, то он работает весьма медленно по сравнению EveryThing (Очень быстрый поиск с программой Everything / Хабрахабр http://habrahabr.ru/post/42354/) - попробуйте поискать среди миллиона файлов и сравнить.
А каталогизаторы есть каталогизаторы - трудно сравнивать с просто поиском.