Честно говоря, я сильно сомневаюсь, что НИИ в лице будущего начальника не в курсе.

Ихмо, если это так, то это-один из способов "поймать на крючок" от ребят с "холодными головами и горячими сердцами". :D
Обычно так отлавливают хакеров для нужд конторы (предлагая пойти на заведомое правонарушение, делая вид, что никто ничего не знает), но, видать, решили пойти дальше по технарям

Каким это образом? Финансирование по грантам идет через юр.лицо, которое само и уплачивает налоги ;).

Тут ведь правонарушение все же не из разряда "карается расстрелом с конфискацией" :D

если он не побежит уплачивать подоходный налог с суммы (стипендия+стоимость обучения), то это будет уклонение от уплаты налогов на величину полученной материальной выгоды;)

Так налоговым агентом будет НИИ.

Стоимость обучения - это доход Parnа? :eek:

с чего бы это?
Вы учитывайте, что со стипендий НДФЛ не платится (ст. 217 НК). Но у ТС по понятным причинам это рассматривается не как стипендия , а как материальная выгода, полученная им.
Налоговым агентом НИИ быть не может, так как, если он знает о незаконности выплаты стипендии, он не должен ее выплачивать. НИИ никак не может выполнять в данной ситуации функцию налогового агента.

полученная материальная выгода- это не только доходы, но и экономия на расходах

Не смешите мои туфли от D&G.
1) Уплата налогов это от заработанного бабла. Стипендия, пенсия налогами не облагаются.
2) "Величина полученной материальной выгоды" - это что? Сыкономил за счет безбилетного проезда в автобусе?

перечитайте мое сообщение №56

Will "материальная выгода" это экономия на процентах или покупка акций или векселей ниже их номинала или рыночной цены, но не покупка колбасы у маши по 3 рубля вместо даши по 5.)

Тоже "материальная выгода" целых 2 рубля.

Да ну? Список исчерпывающий, по -Вашему?
Жжоте, реально:D
ЗЫ с отнесением бесплатного повторного обучения к доходам, полученным в натуральной форме, суть не меняется- всё равно с этого надо платить НДФЛ.