естественно

А зачем? Мне кажется, наверх идет только решение большого совета.

Ну большой совет же должен принять решение на основании документов, подготовленных нижестоящими инстанциями, а там по логике не должно быть разночтений?

Это зависит от даты формирования первичных документов в сравнении с письмом Минобрнауки. Нижестоящие инстанции до появления этого письма не могли использовать новую номенклатуру.

мне кажется, в сложившейся ситуации лучше переоформить все с самого начала, считая, что и заседание кафедры, и тем более все дальнейшие инстанции были пройдены после 17.04.21, чем попасть в ситуацию, когда аттестационное дело завернут в министерстве

Ну вообще, если первичные документы действительно не идут в ВАК, то большой совет может принять решение ходатайствовать о присвоении ученого звания по специальности из новой номенклатуры со ссылкой на данный приказ в своем заключении.

В письме, кстати, есть очень важные моменты.
Там специально подчеркивается, что министерство НЕ проверяет оценку педагогического мастерства, пособия, статьи итд. То есть если ВУЗ (НТС, УС) это пропустил - дальше просто ставится галочка "достоин".
В нашей ситуации это важно, так как технический работник очень многое стремится вычеркнуть, апеллируя к "министерство потом не пропустит". А у меня три доцента на выходе.

Вера в написанное - страшная штука...

могут же отправить в другой вуз на дополнительно заключение, если сотрудник департамента сочтет, что что-то не соответствует

Пока - сегодня 21 апреля - технически невозможно оформить дело по новой номенклатуре, так как ГИС ГА пока - только проверили имеет только старую.
Пришли к выводу, что значит временно с 17 апреля нельзя подавать на звания до следующих событий:
Выхода: 1) паспортов; 2) адаптации интерфейса ЕИС ГА под новую номенклатуру; 3) разъяснений Минобрнауки, о которых упомянуто в письме