Если речь о присуждении степеней и разработке правил этого процесса, то НИУ/ФУ/РУДН это успешно делают сами. Не являясь ФОИВ. ИМХО вполне реально, что это будет делать РАН или любая другая организация, которой это поручат через изменение законодательства.
РУДН, кстати, не по законодательству это делает. По беззаконию, точнее, через ПП.