разве не включает приём зачёта?

Нет, конечно.
"Госзадание" = требование отчислять в год не более 10% и обеспечить выпуск не менее 70% от принятых на 1 курс.
Как это достигается на промежуточной аттестации - дело ВУЗа.

А если народ за 4-5-6 лет сам отчислялся? Например, переходили на другие специальности, в другие вузы, чемодан-вокзал-Париж?

Не отчислять. Любыми путями.

То надо возвращать министерству деньги, выделенные на этих бюджетников.

Эта сумма совпадает с теми деньгами, которые платники на свое обучение тратят?

Я просто в гос. вузе никогда не работал :) Только институт и частный вуз.

Платники (ПВЗ) должны платить ВУЗу не менее, чем гос-во (чуть не написал го-сво, но т-т-т-т) выделяет на бюджетников * (1+N), где 1>N>0. На то есть куча распорядительных актов, и N разная в разных регионах. И каждый год выходят приказы, что именно сейчас значит - N.

И... что? Это ведь нормально - вернуть аванс за не выполненную работу.

С одной стороны - да, нормально, в рамках закона, да и в рамках логики тоже.

С другой стороны - для ВУЗа это фактор, который он в полной мере не может контролировать. Никогда нельзя быть уверенным, что условный Вася Пупкин со второго курса вдруг не скажет, что решил перевестись из Екб в Челябинск.

Конечно. Этот фактор нужно учитывать в работе. Это не другая сторона, это просто часть работы.