Руководитель и учёный секретарь в одном лице-проблема?
 

Скажите, возникнут ли проблемы или лишние вопросы у ВАК, если автореферат подписывает учёный секретарь и паралельно является руководителем у соискателя?

Теоретически - нет.. правда, одной моей знакомой ВАК диссер таки зарубил.. но причины были озвучены совсем другие:)

А какие причины, если не секрет?

Пишу про Украину, но старш. коллеги говорят, что и при Союзе было так. Если защищается аспирант уч. секретаря, то на время проведения защиты приказом ректора Вуза (другой организации при которой совет) назначается исполняющий обязаности уч. секретаря из членов совета. Все документы от принятия к защите до подачи ат. дела подписывает этот исполняющий, в том числе и автореферат.
Если все это не выполнено, "накажут" руководство совета, соискатель здесь не при чем, Вы отвечаете только за свою ДР.

Сейчас формально данные требования распространяются только на председателя Совета (см. Положение), который не может вести заседание в случае защиты своего аспиранта. Недавно был прецедент, когда защищался аспирант ученого секретаря - это правило было распространено и на ученого секретаря, т.е. все документы подписывал и.о. ученого секретаря совета, назначенный председателем из членов совета.

Специально посмотрела рос. Положение о совете по защите ..., или в другом документе?

Да.
Председатель (заместитель председателя) диссертационного совета не может председательствовать на заседании совета при рассмотрении диссертации соискателя, у которого он является научным руководителем или консультантом.

Об ученом секретаре ни слова, но в реальной практике правило распространяется и на него. Кстати говоря, если заседания вел не председатель совета, а его заместитель, то все документы должен подписывать заместитель.

В чем прецедент тогда?

Прецедент в том, что Положение данную ситуацию не регламентирует, и бывает такое нечасто. Видимо, кто-то что-то вспомнил и решили сделать вот так. Что-то подсказывает - решили не случайно и "на всякий случай" данного пусть и неписаного правила стоит придерживаться.

Решили приказом ректора назначить другого учёного секретаря. В один день защищается несколько человек, если к одному эксперту попадут документы... в одном совете защищались, в один день, а секретари разные... это не вызовет вопросов?