Если word, то только последних версий 2007-2010. Хотя я знаю примеры написания в Word 2003.
При взаимодействии 3х линеек WYSIWYG редакторов (Word 2003, Word 2010, OpenOffice (LibreOffice)) возникают жуткие коллизии по переносу формул. В конечном счете мне не удалось создать документ, сохраняющий форматирование, редактируемые формулы, правильно работающий с графическими объектами (чтобы при переносе документ не "рассыпался") и таблицами.
Из редакторов - кроссплатформенный TexMaker. Для написания коротких текстов - winefish.
Как уже не раз было сказано - главное - это содержание диссертации.
Преимущества и недостатки систем обсуждались не раз.
TeX - компилирует документ из множества. Word - содержит все в себе. От этого и проистекают все конфликты.
Лично мне удобней TeX. Никаких проблем с переносом документов я не встречал. Текст + pdf(формат изначально переносимый) (В крайнем случае что стилистические файлы будут отличаться, но это редкость)
Word также позволяет многие вещи, но с ним надо учиться работать. И да, формат doc имеет проблемы переноса формул из 2010 в 2003 - переносит картинками. Набор формул по убыванию удобства набора - TeX, Word 2010, OpenOffice, Word 2003 (MS Equation). И (дикость, но факт) формат презентаций ppt также имеет проблемы переноса с ПК на ПК при одинаковых версиях офисного пакета.
P.S. О TeX я узнал после знакомства с Linux
Но прелесть TeX а в том, что он кроссплатформенный. Найдите TeXLive дистрибутив, установите с него текстовый процессор, и все проблемы с версткой просто исчезнут!