Мое мнение, что журналы с разными формами распространения, но имеющие идентичное название и содержание - это один и тот же журнал (в НЭБе это делится на: Печатная версия журнала/Электронная онлайновая версия журнала). Например:
http://elibrary.ru/title_about.asp?id=10618 (УПРАВЛЕНИЕ БОЛЬШИМИ СИСТЕМАМИ: СБОРНИК ТРУДОВ)
Но подтверждением для ВАКа будет только электронный журнал, который в перечне