Интересная точка зрения - не знал, что это тоже относится к имитационному моделированию.
Добавлю своё (традиционно - все используемые инструменты это свободное программное обеспечение, а значит лучшее :-)
2, 3.
Эмуляция компьютерных сетей произвольного уровня сложности: VNUML -
http://www.dit.upm.es/vnumlwiki/index.php/Main_Page Использует возможности встроенной подсистемы ядра ОС GNU/Linux под названием UML (User Mode Linux)
Эмуляция компьютера (в том числе и другой архитектуры): kvm -
http://www.dit.upm.es/vnumlwiki/index.php/Main_Page Использует аппаратную виртуализацию встроенную в последние поколения процессоров Intel & AMD и соответствующую подсистему ядра ОС GNU/Linux, построенную на базе популярного эмулятора qemu. А если по русски - то это способ запустить винду (к примеру) не на реальном железе, а на "виртуальном" и, соответственно, быть уверенным, что её очередной сбой не приведёт к фатальным последствиям.
5.
JACK -
http://jackit.sourceforge.net/ - аудиосервер, микшер
Ardour -
http://ardour.sourceforge.net - аудиоредактор, рекордер (24 и более каналов с разрешением 32 бит / 96 кГц одновременно), множество эфффектов обработки звука (через подключаемые модули в формате LADSPA)
MuSE -
http://muse.seh.de/ - секвенсор (MIDI - синтезатор).