Из бесплатных и кроссплатформенных могу порекомендовать JabRef:
http://jabref.sourceforge.net/
Добавлено
Пардон за назойливость, но я просто не могу молчать в данном случае... :-)
Файлы .bib используются не только (и не столько) для того, чтобы Вы не забыли что именно прочитали, но для того, чтобы свести к минимуму потенциальную головную боль, связанную с управлением цитатами при написании научной работы.
Делается это так:
- в конце файла в LyX вставляется файл .bib (в котором описана вся библиография)
- в нужном месте парой кликов вызывается меню в котором будет автоматически сформированный список работ (на основе .bib файла)
- выбирается нужная работа - и всё!
Результат:
- автоматическая сквозная нумерация цитат по всему документу
- автоматически сформированный список литературы (только использованные произведения, в порядке цитирования)
Просто? Проще только если бы ещё и статья сама писалась :-)