lomonosof, читайте вот эту тему, к которой я подклеил ваш вопрос. Тут много разных мнений было высказано. Достаточно, чтобы понять, что в вопросе "совмещение аспирантуры и работы" (точнее, бумажного оформления) на практике творится полный бардак.
Что касается чем грозит и насчет стажа. По действующему пенсионному законодательству стаж роли не играет, важны только суммы отчислений, которые ваш работодатель перечислял в ПФР. Если эти отчисления делались, не так важно, работали вы (по трудовой книжке) как на основном месте работы или по совместительству. Если же зарплату получали "в конверте", то наличие/отсутствие стажа за этот период вам ничем не поможет. Тем более, что Медведев после выборов собирается опять реформировать пенсионную систему, и что там будет дальше, никому не известно.
Короче говоря, как наиболее простой вариант: можно не дергаться с переоформлением задним числом, а просто, когда вам выдадут трудовую на руки, оформить следующей записью переход на постоянное место работы то, где вы работаете сейчас. Т.е. перевод с совместительства. И всё.
Кстати говоря, насколько я помню трудовое законодательство, по просьбе работника записи о работе по совместительству тоже могут быть сделаны в трудовой книжке. Но это именно по просьбе и при желании. Я, например, много где работал именно как совместитель, но записей в трудовой у меня об этом нет -- т.к. не вижу в этом особого смысла. Разве что для истории.
