Feeleen, я думаю, в представлениях каждого русскоязычного человека латиница будет разной, потому и адекватная программа для транслита вряд ли имеется.
Например, мне близок вариант транслитерации, основанный на польском письме:
а - а
б - b
в - w
г - g
д - d
е - je
ё - jo
ж - rz
з - z
и - i
й - j
к - k
л - l
м - m
н - n
о - о
п - p
р - r
с - s
т - t
у - u
ф - f
х - h
ц - c
ч - cz
ш - sz
щ - szcz
ъ - в большинстве случаев j
ы - y
ь - по обстоятельствам
э - е
ю - ju
я - ja
Правда, скорее всего, самая правильная транслитерация имеется в сербскохорватском языке, поскольку одни и те же слова сербы пишут кириллицей, а хорваты - латиницей.
В любом случае, для лучшего понимания американцами автореферата
Shuhratа следует не приводить его латиницей, а перевести на английский язык. И нет проблем
