Натолкнулся на отличную заметку:
http://mydebianblog.blogspot.com/2008/06/bibtex.html
о том как использовать единую библиографическую базу для нескольких документов.
Чрезвычайно полезно для аспирантов: очень часто список литературы к диссертации это объединение списков от минимум 3-5 статей в различные журналы. Единая база библиографии позволяет сэкономить прорву времени при работе с ним.
P. S. работает как в LyX, так и в обычном LaTeX.