Формально заключение готовит кафедра, а не соискатель. Как в действительности, это внутренний вопрос между кафедрой и соискателям.
Скрытый текст
я своим аспирантам вообще сам готовлю, иначе потом дольше переделывать
Разумеется, документы должны совпадать. Сколько процентов/доля указано в заключении, столько должно быть и в а/р.