Я тоже думаю, что ничего не даст. В лучшем случае, состоится еще одна защита в том же ДСе

Ну, еще можно попробовать напакостить ПДС таким образом.
Но нотариусом заверять не надо, и отправить лучше заказным письмом с уведомлением. 59ФЗ еще никто не отменял, и по нему любая госконтора должна дать ответ в течение 30 дней + почта. Затем будет вызов на ЭС и т.д.
Кратко изложите суть нарушений, приложите (или сообщите о наличии) доказательства. Содержимое апелляции разжевано в п. 55 Положения о присуждении степеней, прочитайте также пп. 56 и 57. Однако п. 62 какбэ намекает на то, о чем Вам написал
Team_Leader.