В аспирантуру большинство вообще без публикаций в журналах поступает.
А так, ну представьте, если говорить о специалистах в той или иной области, которые знакомятся с вашими материалами, то конечно они увидят разницу между известным профессиональным журналом и какой-нибудь коммерческой фигнёй "публикуем-что-угодно-главное-денег-заплатите". Но защититься можно, в общем, и так.
Даже среди ваковских журналов тоже всяких мусорных "вестников" полно, не говоря уже о "не-ваковских".