[Adelaida]

не уверена, что это относится к перечисленным 5 вопросам, но есть неплохая книжка Lothaire Прикладная комбинаторика слов (она есть в электр.виде в Интернете), там много разных алгоритмов, и 2 главы посвящены различным приложениям комбинаторики в биологии (правда в основном эти алгоритмы связаны с ДНК).