Волноваться не о чем.
Во-первых, правда на вашей стороне и вам главное чётко изложить свои доводы и ни в коем случае не смущаться, если судья будет нести всякую фигню. Гните свою линию: я уже кандидат, диплом на оформлении, имею право на освобождение и желаю им воспользоваться. Если судья будет соглашаться с военкоматчиками, хамить, демонстрировать полную безграмотность в вопросе, призывать вас к патриотизму отслужить добровольно (
) - спокойно, но непреклонно продолжайте излагать свою позицию. Главное: спокойно, чётко, конкретно.
Во-вторых, даже если судья откажет (что очень маловероятно) - значит у вас будет 30 дней на подачу апелляции (решение не вступило в законную силу => призыв невозможен), на 28-29 день вы подаёте апелляцию, новый суд, новый судья, а там и призывной период закончится, решение о призыве отменяется автоматически, а нового уже быть не может.
Можете так же аргументировать "духом закона" и "здравым смыслом": законодатель дал право молодым учёным, получившим степень, освобождаться от армии, как стимул для научной деятельности. Вы получали степень в полном соответствии с законом и установленными порядками. То, что ВАК оформляет диплом полгода - не ваша вина и никак от вас не зависит. Таким образом, военкомат пользуясь бюрократией ВАКа пытается вам отказать в праве, предусмотренном законодателем. Причём делает это по формальному, не имеющему никакого здравого основания, поводу.