shelvy, у меня тоже была такая проблема. Теперь структура папок везде одинаковая.
Но до того, чтобы целая программа по синхронизации требовалась, не доходило. Если у вас есть знакомые программисты (в идеале - студенты), можно попросить написать, в такой проге нет ничего сложного, и будет именно то, что вам нужно.