В общем, ситуация стновится все более интересной.
Администраор нтиплагиата от ВУЗа не может эту проблему решить, теперь надо аж администрацию всероссийского антиплагиата поднимать.
Дошли до ректора. Тот вроде проблему понял, посоветовал пока попробовать решить проблему на уровне антиплагиата, но если что - ему очевидно, что это бред, обещал помочь.