причины- начиная с плагиата - заканчивая несоответствием шифру специальностей по которому вы защищаетесь.
Там есть также куча правил которые нельзянарушать, напрмер - ваш оппонент не может быть коллегой с вашей кафедры, еще.. оппонент не может быт соавтором... неправиль оформленные документы .... так навскидку все не вспомню...
плагиат проверяется очень просто - хотя бы через поисковик

к тому же представьте, сидит человек, который проверяет все дисеры по одному шифру - у него уже глаз наметан, за столько лет сиденья
по себе сужу - когда студенты сдают курсовые - могу наизусть процитировать - откуда из какого источника списана эта страница или глава
ведущую и оппонентов назначает экспертная комисиия - три умных человека, по вашей специальности.
ведущая организация - это обычно министерство, НИИ или ВУЗ, хорошо знакомый с вашей проблемой