Думаю, при желании начальство филиалов сможет вопрос решить.
Ну, например, (может и наивное рассуждение) перерегистрировать филиал в негосвуз мааааленький такой, а потом на последнем году обучения переводить в головной государсвенный для выдачи-защиты дипломчика