не знаю как в медицине, но в экономике, например, первые годы пишешь обзорные статьи, ретроспективный анализ и т.д. (то есть больше теории), и только ближе к защите - на выходе - уже полученные результаты исследования.
мой совет - публикуйте результаты прямо непосредственно перед защитой (чтобы никто не успел их присвоить себе
()
а что касается докторской - как правило она опирается на кандидатскую (повторяю - как правило), так что можно спокойно публиковать результаты предыдущего исследования и обозначать новые задачи. не вижу никакого противоречия