Если вузы допускают двойную аффилиацию и вообще совесть чиста, так как работа реально выполнялась в обоих вузах, то не вижу проблем получить премию и там и там
Если одна аффилиация добавили только ради денег, то тут вопрос к этике. Пока у нас это не противозаконно, хотя могут в будущем попытаться запретить